25 EKİM 2025, CUMARTESİ
10:45-12:00 Yaygın Kaygı Bozukluğunda Diferansiyel Gen İfadesinin Ve İlintili Metabolik Yolakların Biyoinformatik Yöntemler Kullanılarak Araştırılması
Yaygın Kaygı Bozukluğunda Diferansiyel Gen İfadesinin Ve İlintili Metabolik Yolakların Biyoinformatik Yöntemler Kullanılarak Araştırılması
Manolya Ün1, Kerem Laçiner1
-
Daha fazla
1. Ondokuz Mayıs Üniversitesi Tıp Fakültesi
DOI: 10.5080/61upk.ozt257 Sayfa 217
Giriş: Çalışmanın amacı, yaygın kaygı bozukluğunda ifadesi anlamlı düzeyde değişen genleri ve görev aldıkları metabolik yolakları biyoinformatik analiz yöntemleri kullanarak yordamaktır
Yöntemler: Çalışmada NCBI GEO veri tabanından alınan GSE61672 kodlu açık kaynak mikroarray veri seti kullanılmıştır. Veri seti, 179'u kontrol (YAB-7 skoru < 2), 157'si kaygı bozukluğu tanılı (YAB-7 skoru > 5) olmak üzere 336 katılımcının kan izolatlarından elde edilen gen ifadesi profillerini içermektedir. Profiller R-Studio V.2025.05.1+513 programı kullanılarak BiocManager paketinin uzantılarıyla incelenmiştir. Vaka ve kontrol gruplarında gen ifadesi limma paketiyle karşılaştırılmıştır. Gen kümelerinin ontoloji analizi NIH DAVID Bioinformatics veri tabanı kullanılarak hazırlanmıştır. Sonuçlar: İfade profilleri, Bayes empirik modeli kullanılarak karşılaştırıldığında, GUSBP2 psödogeninin vaka grubunda anlamlı derecede düşük seviyede ifade edildiği görülmüştür (pBayes=0,0187, p=1,49.E-6). Karşılaştırmalar sadece kadın (nVaka=67, nKontrol=63) veya erkek (nVaka=29, nKontrol=37) alt gruplarında yapıldığında USP14, SLC3A2 ve CTPS1 genlerinin kadın vaka grubunda anlamlı derecede düşük seviyede ifade edildiği saptanmış, erkeklerde vaka ve kontrol grupları arasında anlamlı ifade farkı gözlenmemiştir. İstatistiksel dışlamaya rağmen klinik açıdan önem taşıyabilecek genlerin tespiti için ifade analizi Bayesyan kısıtlama uygulanmadan tekrarlanmış, alt gruplarda anlamlı ifade farkını en belirgin gösteren ilk 20 gen listelenerek (p < 0,05) ontoloji analizine tabi tutulmuştur. İşlevsel anotasyon bakımından zenginleştirmeyi takiben kadınlarda HIF-1 sinyal iletimi (CREBBP, GAPDH, MAPK1; p=1,2.E-2) ve LPS-aracılı sinyal iletimi (MAPK1, PTPN22; p=3,1.E-2), erkeklerdeyse NOD-benzeri sinyal iletimi (AIM2, NAMPT, TXN; p=1,3.E-2) gibi doğal bağışıklık yolaklarının vaka gruplarında anlamlı ifade değişimi gösteren genlerle ilişkili olduğu tespit edilmiştir.
Tartışma ve Sonuç: Kadın ve erkek vaka gruplarında anlamlı ifade değişiminin gözlendiği gen kümeleri birbirinden farklıdır, dolayısıyla biyobelirteç seçiminde cinsiyet göz önünde bulundurulmalıdır. Özgün bağışıklık yolaklarının hem kadın, hem erkek vaka gruplarında zenginleşmesi, periferik inflamatuar yanıtın yaygın kaygı bozukluğunun tanı ve takibinde ortak yordayıcı değer taşıdığını düşündürmektedir. GUSBP2 psödogeninde cinsiyetten bağımsız olarak gözlenen anlamlı ifade değişimi merak uyandırıcıdır. Gen ürününün translasyona uğramadan RNA interferansı yoluyla ifade regülasyonuna katılması olasıdır, kaygı bozukluğu tablosunda transkriptom üzerindeki düzenleyici etkisi araştırılmalıdır.
Anahtar Kelimeler: Mikroarray, Biyoinformatik, İşlevsel Anotasyon, Yaygın Kaygı Bozukluğu
61. Ulusal Psikiyatri Kongresi Bildiri Özetleri